Hướng dẫn sử dụng phần mềm JSME

Mục đích: để vẽ công thức cấu tạo của các hợp chất hữu cơ


A. Các ô công cụ trong phần mềm JSME (JavaScript Molecular Editor)

1. Các ô công cụ vẽ liên kết ( khoanh trong vùng màu xanh da trời đậm)

Để vẽ một liên kết đơn, click vào ô liên kết đơn (-), rồi click vào bất cứ nơi nào trong vùng vẽ. Để thêm liên kết đơn khác, click vào đầu cuối của liên kết đã vẽ.

Vẽ các vòng bằng cách click vào vòng, rồi click vào vùng vẽ

Muốn chuyển liên kết đơn thành các liên kết đôi, ba: click vào ô liên kết đôi, ba, rồi click vào liên kết trong hợp chất muốn thay thế .

Vẽ cấu trúc lập thể bằng cách click vào liên kết wedged. Click lặp lại vào liên kết dạng wedged để tạo ra liên kết dạng dashed.

2. Các ô công cụ nguyên tố và nhóm chức ( khoanh trong vùng màu xanh lá cây)

Liên kết C-C được tạo ra mặc định. Muốn thay đổi nguyên tử C bởi một nguyên tố khác thì click vào ô nguyên tố đó, rồi click vào C muốn thay thế.

Nguyên tố H mặc định không cần vẽ. Trong trường hợp yêu cầu vẽ H, thì click vào ô X (sẽ mặc định là nguyên tử H), rồi sau đó click vào vị trí cần thay bằng H.

Thêm nhóm chức bằng cách click vào ô FG (Functional Group) nằm ở trên cùng bên phải, khi đó một danh sách nhóm chức xuất hiện, click vào một nhóm chức mong muốn. Sau đó click vào vị trí trong hợp chất muốn thêm nhóm chức vào.

3. Công cụ chỉnh sửa ( khoanh trong vùng màu đỏ)

Chọn ô có chức năng: xoá hết (ô trắng hình chữ nhật), xoá 1 nguyên tử (dấu X màu đỏ), hay undo/redo (mũi tên)


B. Luyện tập

Chọn hợp chất bất kì sau đây?

Hexane Phenol Aniline Acetic acid 2-Pentene 3-Ethyl-4-methylhexane Testosterone

Hãy vẽ hợp chất đã chọn, sau đó kiểm tra bằng cách click vào nút "Check" :